Το Αρχαιολογικό Μουσείο της Πέλλας βρίσκεται βόρεια του επισκέψιμου αρχαιολογικού χώρου και δυτικά του σύγχρονου οικισμού. Είναι ένα νεόδμητο μουσείο- εγκαινιάσθηκε το 2009, και αποτελεί την εξέλιξη του προηγούμενου που βρισκόταν κοντά στον αρχαιολογικό χώρο. Το μουσείο εναρμονίζεται με τους ανασκαφικούς τομείς και εκθέτει τα σημαντικά ευρήματα των ανασκαφών.
Στην πρώτη ενότητα ενημέρωσης ο επισκέπτης πληροφορείται για τη γεωμορφολογική εξέλιξη της περιοχής, τον αρχαιολογικό χώρο με τα μνημεία του και παρατηρεί νομίσματα, κοπές μακεδόνων βασιλέων και ρωμαϊκά, καθώς και την ενεπίγραφη κεραμίδα με το όνομα ΠΕΛΛΗΣ από τα πρώτα ευρήματα των ανασκαφών του 1957. Στη συνέχεια, υποδέχονται τον επισκέπτη η μαρμάρινη κεφαλή του Μεγάλου Αλεξάνδρου και το μαρμάρινο αγαλμάτιο που τον απεικονίζει με χαρακτηριστικά του θεού Πάνα.
Η πρώτη θεματική ενότητα του κυρίως εκθεσιακού χώρου αναφέρεται στην καθημερινή ζωή της ελληνιστικής Πέλλας. Τα ψηφιδωτά δάπεδα των οικιών του Διονύσου και της Ελένης, η αποκατεστημένη με πολύχρωμα κονιάματα διακόσμηση τοίχου της λεγόμενης Οικίας των κονιαμάτων και τα ανασκαφικά ευρήματα που εκτίθενται στις προθήκες πληροφορούν για τη δομή των κατοικιών και τον τρόπο ζωής των ενοίκων τους. Η δεύτερη θεματική ενότητα αναφέρεται στη δημόσια ζωή. Τα εκτιθέμενα ευρήματα προέρχονται κυρίως από την Αγορά και περιγράφουν την αρχιτεκτονική μορφή του συγκροτήματος, τους διοικητικούς θεσμούς του, τα προϊόντα παραγωγής και πώλησης.
Στην τρίτη θεματική παρουσιάζονται τα δημόσια ιερά και οι λατρευόμενοι θεοί μέσα από ποικίλα αναθήματα. Η τέταρτη θεματική ενότητα είναι των νεκροταφείων. Εδώ εκτίθενται ταφές με τα κτερίσματά τους από την Εποχή του Χαλκού μέχρι την Ελληνιστική Εποχή. Ακολουθεί η υπό διαμόρφωση αίθουσα του ανακτόρου. Στον όροφο του Μουσείου φιλοξενούνται περιοδικές εκθέσεις. Τον Μάρτιο του 2016 εγκαινιάσθηκε η περιοδική έκθεση «Πριν από τη μεγάλη πρωτεύουσα» με ευρήματα από την ευρύτερη περιοχή και κυρίως το Δυτικό Νεκροταφείο του Αρχοντικού.
Περισσότερες πληροφορίες για τον αρχαιολογικό χώρο και το μουσείο Πέλλας στην ιστοσελίδα της Εφορείας Αρχαιοτήτων Πέλλας https://www.palaceofpella.gr/